Come per l'Archivio, anche gran parte del materiale museale custodito dall'A.B.M.C. proviene dal patrimonio conservato nell'ottocentesco Museo civico di Altamura che fu sciolto nel 1909. Tutti gli oggetti furono conservati presso i locali del Liceo Classico "Cagnazzi" e salvo alcune eccezioni (come il primo fondo pergamenaceo e il polittico quattrocentesco del Vivarini che furono affidati rispettivamente all'Archivio di Stato di Bari e alla Soprintendenza di Bari) ceduti nel 1949 dal Comune all'Ente in occasione della stipula della convenzione.
Fino alla creazione del Museo Archeologico Statale di Altamura, l'A.B.M.C. conservava anche il patrimonio archeologico del vecchio museo, accresciuto notevolmente negli anni successivi in seguito a numerosi scavi effettuati sia nell'ambito della città che nel suo territorio e alle donazioni di privati.
Attualmente, tra i numerosi reperti storici, il museo dell'ente può vantare diversi dipinti, oggetti vari (medaglie, monete, cimeli risorgimentali e delle guerre mondiali), mobili antichi, materiale lapideo, statue, busti bronzei ed altro.
Appartengono al Museo Civico ottocentesco:
- i dipinti antichi
- la serie dei ritratti dei re del Regno di Sicilia e Napoli
- mobili antichi
- medaglie e oggetti vari
Acquisizioni per donazione e deposito:
- dipinti degli artisti altamurani Raffaele e Tina Laudati
- i tre cannoni della reistenza della città di Altamura al cardinale Ruffo nel 1799
- dipinti vari
- statue
- una vera di pozzo in pietra bianca
- una vasca battesimale in pietra
- busti in bronzo
- oggetti appartenuti al musicista altamurano Saverio Mercadante
FONTI: GENNARO MARIA PUPILLO, Conservare nella memoria dei posteri gli uomini, i fatti e le cose meritevoli pertinenti a questo Comune:la nascita del Museo Civico di Altamura, Tesi di laurea, a.a. 2002-2003.
Arte e restauri nella storia di Altamura - Catalogo della mostra, in «Altamura», nn.27-28
